肉毒毒素注射应该由全面掌握相关疾病知识、熟悉注射部位解剖生理的医生进行操作，最好具备基本的肌电图或超声定位检测技能。一般遵循个体化原则以谋求最佳疗效。

选择临床检查或肌电图、超声指示痉挛严重或突出的肌肉进行注射。头颈部肌肉多点注射可增加疗效并减少局部不良反应，而四肢肌肉则倾向于局限在肌腹中央注射，具体可参照特定肌肉的运动终板分布特点而定。

把BTX注入造成患者症状的靶组织或肌肉中，而非邻近组织（如血管、皮下组织、脂肪、筋膜等），方能取得满意疗效。浅层靶肌的注射点易于定位，相当于电刺激的“运动点”。深层靶肌则常与受邻近肌肉重叠而被掩盖，需要在肌电图检测或超声引导下进行准确定位注射。

目前临床上医生在进行肉毒毒素注射时常采用徒手反向牵拉、肌电图、超声、CT等手段来辅助准确选择肌肉定位。